Le présent document spécifie une méthode pour l'extraction directe de l'ADN des échantillons de sol afin d'analyser l'abondance et la composition des communautés microbiennes au moyen de différentes techniques de biologie moléculaire, y compris la PCR quantitative en temps réel (qPCR). Cette méthode est principalement destinée aux sols agricoles et forestiers. Cette méthode peut ne pas être appropriée aux sols riches en matières organiques (par exemple sols de tourbières) ou aux sols très pollués par des polluants organiques ou des métaux lourds. L'extraction directe de l'ADN des échantillons de sol fournit des informations précieuses sur la diversité α et β des communautés microbiennes. Le séquençage de dernière génération des amplicons obtenus par amplification PCR (amplification en chaîne par polymérase) de l'ADN extrait du sol offre des perspectives prometteuses et pourra contribuer, dans un avenir proche, au développement d'outils de routine permettant de surveiller les communautés microbiennes des sols.
Le présent document spécifie une méthode pour l'extraction directe de l'ADN des échantillons de sol afin d'analyser l'abondance et la composition des communautés microbiennes au moyen de différentes techniques de biologie moléculaire, y compris la PCR quantitative en temps réel (qPCR). Cette méthode est principalement destinée aux sols agricoles et forestiers. Cette méthode peut ne pas être appropriée aux sols riches en matières organiques (par exemple sols de tourbières) ou aux sols très pollués par des polluants organiques ou des métaux lourds.
L'extraction directe de l'ADN des échantillons de sol fournit des informations précieuses sur la diversité α et β des communautés microbiennes. Le séquençage de dernière génération des amplicons obtenus par amplification PCR (amplification en chaîne par polymérase) de l'ADN extrait du sol offre des perspectives prometteuses et pourra contribuer, dans un avenir proche, au développement d'outils de routine permettant de surveiller les communautés microbiennes des sols.
<p>La présente Norme internationale spécifie une méthode pour extraire directement l'ADN d'échantillons de</p> <p>sol en vue d'analyser la structure globale et l'abondance des communautés microbiennes du sol en utilisant</p> <p>des techniques de PCR. Cette méthode est principalement destinée aux sols agricoles et forestiers. Cette</p> <p>méthode peut ne pas être appropriée aux sols riches en matières organiques (par exemple sols de tourbières)</p> <p>ou aux sols très pollués par des polluants organiques ou des métaux lourds.</p> <p>L'extraction directe de l'ADN d'échantillons de sol fournit des informations précieuses sur l'abondance et</p> <p>la structure des communautés microbiennes qui sont des paramètres clés pour estimer la biodiversité des</p> <p>communautés microbiennes telluriques. Les approches moléculaires utilisant l'amplification PCR (amplification</p> <p>en chaîne par polymérisation) de l'ADN extrait du sol offrent des perspectives prometteuses et peuvent</p> <p>contribuer, dans un futur proche, au développement d'outils de routine permettant de surveiller la qualité de la</p> <p>composante microbienne des sols.</p> <p>L'utilisateur de la méthode doit savoir que, même si le sol soumis au mode opératoire d'extraction de l'ADN</p> <p>est soigneusement tamisé (mailles de 2 mm, mode opératoire décrit en 5.1), des résidus végétaux peuvent</p> <p>demeurer dans les échantillons de sol et de ce fait, l'extrait d'ADN prélevé du sol peut être contaminé par des</p> <p>traces d'ADN végétal.</p>
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