NF EN ISO 23418
Microbiologie de la chaîne alimentaire - Séquençage de génome entier pour le typage et la caractérisation génomique des bactéries - Exigences générales et recommandations
Le présent document spécifie les exigences minimales pour générer et analyser des données de séquençage de génome entier (WGS) de bactéries provenant de la chaîne alimentaire. Ce processus peut comprendre les étapes suivantes: a) manipulation des cultures bactériennes; b) isolement de l’ADN génomique axène; c) préparation de la librairie, séquençage et évaluation de la qualité et du stockage des lectures de séquences brutes d’ADN; d) analyse bioinformatique visant à déterminer la parenté génétique et le contenu génétique, à prédire le phénotype et à valider le pipeline bioinformatique; e) capture des métadonnées et dépôt dans des bases de données de séquences; f) validation du processus de WGS de bout en bout (adapté à l’application prévue). Le présent document est applicable aux bactéries isolées à partir de ce qui suit: — des produits destinés à la consommation humaine; — des produits destinés à l’alimentation animale; — des échantillons environnementaux prélevés dans des zones de production et de manipulation de produits alimentaires et d’aliments pour animaux; — des échantillons de production primaire.
Le présent document spécifie les exigences minimales pour générer et analyser des données de séquençage de génome entier (WGS) de bactéries provenant de la chaîne alimentaire. Ce processus peut comprendre les étapes suivantes:
a) manipulation des cultures bactériennes;
b) isolement de l’ADN génomique axène;
c) préparation de la librairie, séquençage et évaluation de la qualité et du stockage des lectures de séquences brutes d’ADN;
d) analyse bioinformatique visant à déterminer la parenté génétique et le contenu génétique, à prédire le phénotype et à valider le pipeline bioinformatique;
e) capture des métadonnées et dépôt dans des bases de données de séquences;
f) validation du processus de WGS de bout en bout (adapté à l’application prévue).
Le présent document est applicable aux bactéries isolées à partir de ce qui suit:
— des produits destinés à la consommation humaine;
— des produits destinés à l’alimentation animale;
— des échantillons environnementaux prélevés dans des zones de production et de manipulation de produits alimentaires et d’aliments pour animaux;
— des échantillons de production primaire.
- Avant-propos
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1 Domaine d'application
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2 Références normatives
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3 Termes et définitions
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4 Principe
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5 Recommandations générales pour le laboratoire
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6 Opérations du laboratoire
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7 Analyse bioinformatique des données
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8 Métadonnées
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9 Bases de données de séquences
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10 Validation et vérification
- Annexe A (informative) Élaboration de métriques de qualité et utilisation de contrôles
- Annexe B (informative) Champs de coordonnées du laboratoire
- Annexe C (informative) Champs de localisation géographique de la collecte d'échantillon
- Annexe D (informative) Champs d'historique de repiquage de l'isolat
- Annexe E (informative) Champs de méthodes et de résultats pour l'antibiogramme
- Annexe F (informative) Champs de détection des facteurs de virulence et de méthodes
- Annexe G (informative) Métriques de contrôle qualité des séquences
- Annexe H (informative) Spécifications des métadonnées
- Annexe I (informative) Instructions pour l'intégration de l'ontologie Slim par les développeurs de logiciels
- Bibliographie
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- les clauses impératives à satisfaire,
- les clauses non indispensables mais utiles à connaitre, telles que les permissions et les recommandations.
L’identification de ces types de clauses repose sur le document « Directives ISO/IEC, Partie 2 - Principes et règles de structure et de rédaction des documents ISO » ainsi que sur une liste de formes verbales constamment enrichie.
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